En 1983 commence la seconde guerre civile du Soudan. Cette guerre est le prolongement de la première guerre civile soudanaise, qui dura de 1955 à 1972. Cette seconde guerre civile a sévi principalement dans le sud du Soudan et a été l'une des plus longues et meurtrières guerres de la fin du XXe siècle. Près de 2 millions de civils ont été tués au Sud-Soudan et plus de 4 millions de Soudanais ont été forcés à fuir leur maison. Cette guerre prendra officiellement fin en 2005.

Cette guerre cvile trouve ses origines dans une rupture entre le Nord et le sud du soudan.Le Nord musulman, est confronté à une minorité, essentiellement noire, dans le sud qui réclame son autonomie. Le pays vit une situation politique instable En 1969,Gaafar Mohammed Nimeiry réalise un coup d'Etat et s'empare du pouvoir. Le gouvernement demande d'abord aux extrémistes religieux, puis aux communistes de rester dans le silence, avant d'obtenir temporairement la paix avec le Sud.

Le conflit a pris officiellement fin avec la signature d’un accord de paix en janvier 2005. A noter que de graves tensions perdurent au jour d'aujourd'hui.